Durant son enfance, Pein (qui s'appelait à l'époque Nagato ) avait de long cheveux noirs dont les mèches couvraient les yeux. Tout comme Yahiko et Konan, il est devenu orphelin au cours d'une guerre que faisait le pays de la Pluie, et tous les trois durent vivre seuls. Ils ont rencontré Jiraya qui était en mission à Ame et celui-ci est resté avec eux pour leur apprendre le ninjutsu. Peu après cette rencontre, Yahiko fut attaqué par un ninja d'Iwa, et c'est en allant le défendre que Pein éveilla son Rinnegan, le plus puissant des dôjutsu (le seul à l'avoir possédé jusque là était le précurseur de tout shinobis, le Sage des 6 chemins, créateur du monde ninja.
Il ne cesse de développer le rinnegan pendant les 3 années où Jiraya les entraîne lui et ses amis, puis après le départ de celui-ci, ils se débrouillèrent seuls, faisait de temps à autre parler d'eux et des rumeurs couraient comme quoi ils étaient morts.
Pein a le respect de tous les membres de l'Akatsuki à l'exception singulière de Hidan. Selon les aveux de Konan qui travaille avec lui il n'a jamais connu la défaite. A l'exception de celle-ci de Tobi & de Zetsu, aucun des membres de l'organisation ne l'a réellement vu.
Au Pays de la Pluie, Pein est considéré comme un dieu par ses alliés, il semble cependant que personne là-bas n'aie jamais vu son visage. Il est dit qu'il possède le sang du clan Fûma.
Il est également l'assassin du très puissant Hanzou, l'ancien chef d'Ame, qui rivalisait contre les trois sannin.
Il est extrêmement puissant, faisant tomber Ame à lui tout seul. Il semble également doté d'une grande cruauté, faisant assassiner tout l'entourage de Hanzou (bébés compris) et même ses clients. Pein tue également ceux qui menacent ses idéaux. C'est donc un homme à la fois très puissant et très cruel à l'opposé de son caractère lorsqu'il était enfant.
Il rencontre à nouveau Jiraya plus tard, mais cette fois pour l'affronter en tant qu'adversaire. Ce combat se terminera par la mort de Jiraya après que ce dernier découvrit la véritable identité de Pein.
Il nous dévoile son véritable objectif : créer un ultime kinjutsu avec les bijuus, capable de détruire un pays d'un seul coup (sur le principe d'une arme de destruction massive). Selon lui, l'unique moyen pour supprimer les conflits dans le monde est que ses habitants passent d'abord par un état de terreur et de souffrance, ce qui leur apprendrait ensuite à se contrôler et à faire évoluer leur mentalité. Seule cette souffrance peut amener le monde à grandir.
Pein est le premier personnage de Naruto à user de télépathie, notamment dans le but de rassembler les membres de l'Akatsuki. Il semblerait qu'ils aient un jutsu commun leur permettant d'apparaître sous forme d'ombres dans leur repaire. Pein peut également invoquer le réceptacle géant pour les démons à queues et connaît le moyen de les sceller dans ce même réceptacle. D'après Jiraiya, il aurait maîtrisé les 6 types de manipulation de chakra à 10 ans grâce à son Rinnegan, fait unique dans l'histoire des ninjas.
Mais sa technique la plus notable consiste à se servir d'un corps et, grâce au chakra d'un allié, de créer un clone particulièrement réaliste de l'allié lui permettant d'utiliser la plupart de ses jutsu à l'exception des techniques héréditaires. Naruto, Sakura, Kakashi, Chiyo, Neji, Lee, Tenten et Gaï ont affaire à cette technique .
Pein possède 6 corps, chacun des corps maitrisant parfaitement un type de manipulation de chakra. Le corps qu'il utilise habituellement avec les autres membres d'Akatsuki est celui de Yahiko. Celui possédant une queue de cheval (du clan Fuuma) peut utiliser des invocations (on apprend que c'est le premier adversaire que Jiraya a affronté), y compris invoquer les 5 autres corps de Pein. Le plus gros de ces corps (anciennement un ninja de Kusa) peut absorber tout type de ninjutsu, y compris les plus puissants (le Rasengan géant et surpuissant de Jiraiya). De plus, les corps invoqués par Pein possèdent tous le Rinnegan et partagent leur vision. Par conséquent, Pain serait capable de voir des différents angles vus par chacun des clones qu'il invoque. Chacun des corps correspond en fait à celui de personnes que Jiraya a rencontrées et affrontées lors de son périple à travers le monde. Le corps du ninja du clan Fuuma meurt lors du chapitre 382. On en apprend un peu plus sur le corps ayant arraché le bras de Jiraya. Il peut apparemment séparer ses membres comme détacher son poignet.
Pour ce qui est de Konan, les capacités suffiront .
De ce qui semble avoir été vu, Konan semble être capable de se dématerialiser et se rematérialiser en des sorte de bouts de papiers (Peut-être des pétales de rose, rapport à l'ornement qu'elle porte dans ses cheveux), et se décompose en papillons de feuilles(Une forme parmi tant d'autres, semble t-il) son don semble etre inspiré de l'art japonais du pliage de papier (Origami). Elle utilise également cette faculté précise pour l'espionnage. Les utilisations à l'offensive servent à entraver voir tuer l'ennemi en l'entourant de papier, creer des lames de papier, une lance de papier... Elle s'en sert aussi comme ailes.
